Zur Überwachung des Grund- und Bergwassers läuft seit 1996 ein intensives Beweissicherungsprogramm mit rund 1300 Messorten. Das Messstellennetz umfasst alle wichtigen Quellen und Brunnen im Projektgebiet. Zusätzlich hat die ÖBB-Infrastruktur AG mehr als 500 Grundwasserpegel errichtet. Messingenieure überwachen Qualität und Quantität der verschiedenen Wässer. Rund 70 automatische Datensammler gewährleisten eine lückenlose Beobachtung des Wassers an ausgewählten Messpunkten.

Zur Reinigung von Baustellenwässern sind so genannte Gewässerschutzanlagen im Einsatz. Absetzbecken und die Beigabe von Kohlendioxid sichern bei Bedarf die rasche Wiederherstellung der erforderlichen Wasserqualität. Nach eingehender Nachprüfung wird das gereinigte Wasser in den Inn eingeleitet.