Im dicht besiedelten Inntal sind vielfältige Nutzungsinteressen zu berücksichtigen. Am Talboden und an den Bergflanken teilen sich Siedlungsbereiche mit Gewerbegebieten, Erholungs- und Naturräumen den begrenzten Raum. Für bestimmte Tiere und Pflanzen sind kaum mehr standorttypische Lebensräume anzutreffen. Besonders selten sind Feuchtbereiche und Trockenwiesen. Auch der Bau der neuen Unterinntalbahn braucht Platz.

Um den Flächenverbrauch zu kompensieren werden ökologische Ausgleichsmaßnahmen umgesetzt. Ein Teil dieser Bereiche wurde bereits als vorgezogene Maßnahme errichtet. Tiere und Pflanzen können so vor Beginn der Bauarbeiten ihren neuen Lebensraum besiedeln. In Kundl und Wiesing hat das Team großflächige Feuchtbereiche angelegt, um vor allem Amphibien, Insekten und Vögeln einen neuen artgerechten Lebensraum zu bieten. Die Flächen bieten zum Teil auch neue Erholungsmöglichkeiten für die Anrainer.

Eine ökologische Bauaufsicht kümmert sich zudem während des Bauens in ökologisch sensiblen und wertvollen Bereichen um einen sorgsamen Umgang mit der Natur.