Die Streckenführung der Neubaustrecke berührt zahlreiche Siedlungsgebiete und Einzelgebäude im Unterinntal. Somit sind in diesen Bereichen besondere Maßnahmen zum Schutz vor Erschütterungen und dem hörbar abgestrahlten Körperschall aus dem Eisenbahnbetrieb erforderlich. Dies ist am effektivsten durch den Einsatz von Masse-Feder-Systemen (MFS) möglich.

Dabei wird das Oberbausystem auf eine elastisch gelagerte Tragplatte aufgesetzt. Dies bewirkt eine Entkopplung zwischen Oberbau und Untergrund und führt so zu einer starken Verringerung der durch den Bahnbetrieb in den Untergrund eingeleiteten Schwingungen.

Der Aufbau eines Masse-Feder-Systems besteht im Wesentlichen aus einem Betontrog (= Masse), welcher auf elastischen Einzel- oder Flächenlagern (= Feder) gebettet ist und keine direkten Verbindungen zum Tunnelbauwerk besitzt. Anhand von Prognoseberechnungen und Erschütterungsmessungen im Tunnel werden für den Erschütterungsschutz im Bereich der Neubaustrecke sechs unterschiedliche Masse-Feder-Systeme definiert. Je nach erforderlichem Dämpfungsmaß werden diese an den entsprechenden Stellen eingebaut.

Bei der Planung von Masse-Feder-Systemen sind zwei wesentliche Faktoren maßgebend. Einerseits die von den vorbeifahrenden Zügen direkt angeregten Vibrationen in den Gebäuden und andererseits der durch die Schwingungsanregung von Gebäudeteilen und Einrichtungsgegenständen abgestrahlte hörbare Körperschall.

Für beide Faktoren sind in Normen und Richtlinien sehr strenge Grenzwerte definiert. Für die Neubaustrecke ist in der Umweltverträglichkeitsprüfung nochmals eine Unterschreitung dieser Grenzwerte festgelegt, sodass die im Tunnel vorbeifahrenden Züge in den darüber liegenden Häusern weder gefühlt noch gehört werden können.